2-(ไตรฟลูออโรเมทิล)ไพรีมิดีน-4-เอมีน ใช้ในการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคติดเชื้อและมะเร็ง กลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มการดูดซึมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของสารประกอบที่ได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร เพื่อสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพดีขึ้น โครงสร้างแกนไพรีมิดีนยังมีคุณค่าต่อวิทยาศาสตร์วัสดุในการออกแบบวัสดุอินทรีย์ขั้นสูงที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์เฉพาะเจาะจง