2-Amino-4-chloropyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง มันมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือโปรตีนเฉพาะในเส้นทางของโรค นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยทางเกษตรเคมีสำหรับการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ซึ่งช่วยในการป้องกันพืชและเพิ่มผลผลิต ความยืดหยุ่นในการสังเคราะห์อินทรีย์ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนในแอปพลิเคชันอุตสาหกรรมต่างๆ