2-Chloro-4-isopropoxy-5-nitropyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ซึ่งสารนี้มักถูกนำไปใช้ในการผลิตยาต้านมะเร็งและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่เอื้อต่อการเกิดปฏิกิริยาเพื่อสร้างโมเลกุลเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษาโรคต่างๆ อีกด้วย