6-Chloro-5-fluoro-2-methylpyrimidin-4-amine เป็นสารประกอบที่ใช้หลัก ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะ intermediate สำคัญในการสังเคราะห์ active pharmaceutical ingredients (APIs) ต่าง ๆ โครงสร้างของสารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โดยทำหน้าที่เป็น building block สำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น การมีทั้ง substituent chloro และ fluoro ช่วยเพิ่ม reactivity ทำให้เหมาะสมสำหรับการดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติม นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และพัฒนายา therapeutic ใหม่ที่มุ่งเป้าไปยัง biological pathways เฉพาะทาง บทบาทของสารนี้ใน medicinal chemistry เน้นย้ำถึงความสำคัญในการส่งเสริมการค้นพบและพัฒนายา