4,6-Dichloropyrimidin-5-ol เป็นสารเคมีที่ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียและไวรัส นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของยา นอกจากนี้ยังพบการใช้งานในอุตสาหกรรมเกษตรกรรมเป็นส่วนประกอบในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและเชื้อรา ซึ่งช่วยเพิ่มผลผลิตทางการเกษตรได้อย่างมีประสิทธิภาพ