4-อะมิโน-2-โบรโมไพรีมีดีน ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะในการสร้างยาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อนำกลุ่มฟังก์ชันโบรมีนและอะมิโนเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ส่งเสริมการดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติม นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสีย้อมและสารเคมีพิเศษอื่นๆ โดยซึ่ง reactivity และความเสถียรของมันมีประโยชน์ นักวิจัยมักใช้มันในการศึกษาอนาล็อกนิวคลีโอไซด์และเคมีเฮเทอโรไซคลิก ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าสูงในเคมียารักษาและการค้นพบยา