5,6-Diaminopyrimidine-2,4-diol sulfate ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (intermediate) ในการผลิตอนุภาคนิวคลีโอไซด์อะนาล็อก (nucleoside analogs) ซึ่งจำเป็นสำหรับการยับยั้งการจำลองตัวของไวรัสและการกำหนดเป้าหมายเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษากลไกของเอนไซม์และปฏิกิริยาของกรดนิวคลีอิก เนื่องจากความสามารถในการเลียนแบบนิวคลีโอเบสตามธรรมชาติ (natural nucleobases) สารประกอบนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในการเตรียมสีย้อมและเม็ดสี โดยคุณสมบัติทางเคมีของมันช่วยเพิ่มความเสถียรและความเข้มของสีในผลิตภัณฑ์สุดท้าย