5-Bromo-4,6-dimethylpyrimidine ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และเคมีเกษตร มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาส่วนประกอบที่ออกฤทธิ์สำหรับยาที่เล็งเป้าไปยังโรคต่าง ๆ รวมถึงยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ซึ่งช่วยในการป้องกันพืชผลและเพิ่มประสิทธิภาพการเกษตร คุณสมบัติโครงสร้างของมันทำให้เหมาะสมสำหรับการปรับแต่งและเพิ่มกิจกรรมของสารประกอบเคมีอื่น ๆ ในการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม