5-บรอมโม-4-คลอโร-2-เมทิลไพริมิดีน ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตส่วนผสมออกฤทธิ์ต่างๆ มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง โดยโครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างมีประสิทธิภาพเพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ซึ่งช่วยในการควบคุมวัชพืชและศัตรูพืชที่ไม่พึงประสงค์ในพื้นที่เกษตรกรรม ความหลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ทำให้เป็นส่วนประกอบที่สำคัญในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม สามารถสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีคุณสมบัติเฉพาะ