สารเคมีนี้ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่ซับซ้อนมากขึ้น ในเภสัชกรรม มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะในแอปพลิเคชันบำบัด ในเกษตรเคมี ใช้ในการสร้างยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืช โดยโครงสร้างของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้ายในการควบคุมศัตรูพืชหรือวัชพืช แกนไพรีมีดีนที่ไม่เหมือนใครทำให้มันมีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ