6-Methylpyrimidine-4-carboxylic acid ถูกนำมาใช้หลักๆ ในสาขาการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาและสารประกอบชีวภาพต่างๆ โครงสร้างแกนไพรีมีดีนของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าต่อการออกแบบยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์และตัวรับ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และยาต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยที่อนุพันธ์ของมันสามารถทำหน้าที่เป็นสารกำจัดวัชพืชหรือสารกำจัดเชื้อรา กลุ่มคาร์บอกซิลิกแอซิดของสารนี้ช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ส่งเสริมการสร้างสารเคมีหลากหลายที่มีศักยภาพในการประยุกต์ใช้ในเคมียารักษาและวิทยาศาสตร์วัสดุ