6-Hydroxy-5-iodopyrimidin-4(3H)-one ถูกนำมาใช้หลัก ๆ ในสาขาเคมียารักษาและการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์อนุพันธ์นิวคลีโอไซด์ต่าง ๆ ซึ่งมีความสำคัญต่อการพัฒนายาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพทางชีวภาพและความเลือกสรรของตัวยาเหล่านี้ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการศึกษาทางชีวเคมีเพื่อตรวจสอบกลไกเอนไซม์และปฏิกิริยา โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการเผาผลาญไพริมิดีน ส่วนของไอโอดีนในโครงสร้างยังทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีประโยชน์สำหรับการติดฉลากด้วยรังสี ช่วยในการถ่ายภาพวินิจฉัยและระบบการส่งยาแบบกำหนดเป้าหมาย