5-Ethynyl-2-methoxypyrimidine เป็นสารเคมีที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีและยา โดยเฉพาะในด้านเคมีเภสัชกรรม มักนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอัลไคน์และหมู่เมทอกซี ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเคมีที่หลากหลาย เช่น ปฏิกิริยา Click Chemistry ซึ่งเป็นเทคนิคที่นิยมใช้ในการพัฒนายาและวัสดุนาโน นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาวิจัยทางชีวเคมีและโมเลกุลชีววิทยา เพื่อพัฒนาสารต้านไวรัสหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพอื่น ๆ