ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และยาต้านไวรัส โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกสรรได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อนสำหรับการค้นพบยา ใช้บ่อยในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki และ Buchwald-Hartwig เพื่อนำโครงสร้างหลักของพิริมิดีนเข้าสู่โมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีเกษตรเพื่อออกแบบสารกำจัดศัตรูพืชใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรที่ดีขึ้น