ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีทางการเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดแมลง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมเพื่อสร้างส่วนประกอบที่ใช้งานได้ซึ่งเล็งเป้าไปที่เอนไซม์เฉพาะของพืชหรือเส้นทางเมแทบอลิซึมของศัตรูพืช ใช้กันอย่างแพร่หลายในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชกลุ่มซัลโฟนิลยูเรีย ซึ่งมีคุณค่าด้วยอัตราการใช้ต่ำและความเลือกเฉพาะสูง นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมยาบางชนิดที่แกนพิริมิดีนมีบทบาทในกิจกรรมทางชีวภาพ กลุ่มคลอโรและเมทิลไทโอเป็นจุดที่ทำปฏิกิริยาได้ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์หลายขั้นตอน