ใช้ในสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตสารประกอบที่มีโครงสร้างพิริมิดีน ซึ่งมักพบในสารชีวภาพและยาหลายชนิด เช่น ยาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพอื่น ๆ หมู่ไอโอดีนทำให้สามารถทำปฏิกิริยาต่อได้หลากหลาย เช่น การทำปฏิกิริยาแทนที่ด้วยธาตุทรานซิชัน หรือการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนผ่านปฏิกิริยาข้ามพันธะ (cross-coupling) ส่วนหมู่คลอรีนสามารถถูกแทนที่ได้ด้วยนิวคลีโอไฟล์อื่น ๆ เพื่อสร้างอนุพันธ์ที่ต้องการ จึงเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในงานวิจัยและพัฒนายา