ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง หมู่คลอโรเมทิลที่ทำปฏิกิริยาได้ง่ายช่วยให้สามารถเชื่อมต่อกับโครงสร้างโมเลกุลอื่นๆ ได้สะดวก ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลยาที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปในการเตรียมอนุพันธ์เบสไพรีมีดีนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงตัวยับยั้งคินาสและอนุพันธ์นิวคลีโอไซด์ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรสำหรับสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ที่มีประสิทธิภาพดีขึ้น ความหลากหลายในการทำปฏิกิริยาครอสคัปเปลิงเพิ่มบทบาทของมันในเคมียารักษาและการวิจัยค้นพบยาใหม่