ใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาตัวยับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมียารักษาโรค เนื่องจากมีกลุ่ม chloromethyl ที่ทำปฏิกิริยาได้ ซึ่งช่วยให้สามารถเชื่อมต่อกับโครงสร้างโมเลกุลอื่นได้ง่าย มักใช้ในการเตรียมอนุพันธ์เบสพิริมิดีนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงยาต้านไวรัสและยาต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีประสิทธิภาพดีขึ้น