ใช้เป็นสารตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และยาต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง เนื่องจากมีหมู่ไนไตรล์และคลอรีนที่ทำปฏิกิริยาได้ง่าย โครงสร้างแกนพิริมิดีนช่วยให้ปรับเปลี่ยนได้ง่ายในเคมียารักษา ทำให้สร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพสูงขึ้น ใช้กันทั่วไปในงานวิจัยสำหรับออกแบบโมเลกุลชีวภาพใหม่และในเคมีแบบรวมสำหรับค้นพบยา