ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง เนื่องจากมีคลอรีนที่ทำปฏิกิริยาได้และวงแหวนพิริมิดีนที่ขาดอิเล็กตรอน กลุ่มเอทอกซี่ช่วยเพิ่ม lipophilicity ทำให้ซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้ดีขึ้นในสารออกฤทธิ์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเภสัชภัณฑ์ในการพัฒนายับยั้ง kinase และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ รวมถึงใช้เป็นสารตัวกลางในปฏิกิริยาอัลคิลเลชัน อะมิเนชัน และ cross-coupling เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig เพื่อนำ aryl หรือ amino เข้าไปในโปรแกรมค้นพบยา โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับการยับยั้งเอนไซม์หรือสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม เช่น ยาต้านไวรัส ยาต้านจุลชีพ หรือยาที่ใช้รักษาโรคมะเร็ง