ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของ 4-Chloro-6-ethoxypyrimidine ช่วยให้สามารถทำการปรับแต่งหน้าที่แบบเลือกสรรได้ ทำให้มีคุณค่าในเคมีเภสัชกรรมสำหรับการสร้างการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมาย รวมถึงยาต้านมะเร็งและยาต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชชนิดใหม่ เนื่องจากช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบ