ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง หมู่ไนโตรและโครงสร้างไพรีมีดีนทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช นอกจากนั้นยังนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อนมากขึ้นสำหรับการค้นคว้ายา