ใช้เป็นสารตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง เนื่องจากมีอะตอมคลอรีนที่ทำปฏิกิริยาได้ง่ายซึ่งเกิดการแทนที่นิวคลีโอฟิลิกได้รวดเร็ว นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมยา รวมถึงยาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง โดยที่แกนไพรีมีดีนทำหน้าที่เป็นโครงสร้างหลัก กลุ่มเมทิลของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมได้ ซึ่งช่วยในการพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้นในเคมียารักษาและการวิจัยป้องกันพืช