ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง หมู่คลอโรมีธิลที่ทำปฏิกิริยาได้ง่ายช่วยให้สามารถปรับแต่งได้ง่าย มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลพิริมิดีนที่ซับซ้อน ใช้บ่อยในงานวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ เนื่องจากช่วยเพิ่มประสิทธิภาพทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับสร้างโพลิเมอร์พิเศษและสารเคมีอิเล็กทรอนิกส์ โดยที่พิริมิดีนที่มีฮาโลเจนช่วยให้มีคุณสมบัติทางความร้อนหรืออิเล็กทรอนิกส์ตามที่ต้องการ