ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการแทนที่แบบเลือกเฉพาะ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ใช้บ่อยในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา เนื่องจากความตอบสนองต่อนิวคลีโอไฟล์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งคินาสและสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพอื่นๆ ในเคมียารักษา ลักษณะฟลูออรีนและคลอรีนของมันช่วยเพิ่มการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์และความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในยาที่เป็นผู้สมัคร ใช้บ่อยในงานวิจัยสำหรับการสร้างโครงสร้างพื้นฐานเบสพิริมิดีนในโปรแกรมค้นพบยา