4,6-Dichloro-2-(iso-propoxy-d7)-pyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นเดยูเทอเรียมในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างที่ติดฉลากด้วยเดยูเทอเรียมช่วยในการศึกษาการเผาผลาญและติดตามเส้นทางในกระบวนการค้นพบยา ใช้ในการเตรียมสารประกอบที่ติดฉลากสำหรับสเปกโทรสโกปี NMR เพื่อเพิ่มความแม่นยำในการวิเคราะห์โมเลกุล นอกจากนี้ยังเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่มีเสถียรภาพและประสิทธิภาพที่ดีขึ้น มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีเกษตร สำหรับการผลิตยาหรือสารกำจัดศัตรูพืชที่มีโครงสร้าง pyrimidine ซึ่งเป็นส่วนสำคัญในการออกแบบโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ และในงานวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษากลไกการเกิดปฏิกิริยาและการปรับเปลี่ยนโครงสร้างโมเลกุลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของสารเป้าหมาย