3-Nitro-7-azaindole ใช้เป็นหลักในการวิจัยทางเคมียารักษาและการค้นพบยา โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์สารประกอบที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ นักวิจัยมักใช้ในการพัฒนายับยั้ง kinase ซึ่งสำคัญในการกำหนดเป้าหมายเอนไซม์เฉพาะที่เกี่ยวข้องกับมะเร็งและโรคอื่นๆ นอกจากนี้ยังเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่มีศักยภาพต้านจุลชีพและต้านการอักเสบ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีน-ลิแกนด์ ช่วยในการออกแบบยารักษาที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น