Hexyltrimethylammonium bromide ถูกใช้อย่างแพร่หลายในฐานะสารลดแรงตึงผิวประจุบวกในแอปพลิเคชันอุตสาหกรรมและห้องปฏิบัติการต่างๆ โดยทั่วไปแล้วจะใช้ในการสังเคราะห์นาโนวัสดุ โดยทำหน้าที่เป็นสาร стабилизаторเพื่อควบคุมขนาดและรูปร่างของอนุภาคนาโนระหว่างการก่อตัว ในสาขาเทคโนโลยีชีวภาพ ถูกนำมาใช้ในกระบวนการสกัดและชำระล้างดีเอ็นเอ เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับกรดนิวคลีอิกและช่วยในการแยกจากส่วนประกอบเซลล์อื่นๆ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการเตรียมยาฆ่าเชื้อและสารต้านจุลินทรีย์ โดยคุณสมบัติสารลดแรงตึงผิวช่วยรบกวนเยื่อหุ้มเซลล์ของจุลินทรีย์ ในอุตสาหกรรมปิโตรเลียม ถูกใช้เป็นสารยับยั้งการกัดกร่อนและในกระบวนการกู้คืนน้ำมันแบบเพิ่มประสิทธิภาพเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพการสกัดน้ำมัน บทบาทในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาแบบถ่ายโอนเฟสยังทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาที่ต้องการการถ่ายโอนสารตั้งต้นระหว่างเฟสที่ไม่สามารถผสมกันได้