ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งคินาสสำหรับการรักษามะเร็ง เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมีเภสัชเนื่องจากกลุ่มบรอมที่ทำปฏิกิริยาได้ ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig aminations โครงสร้างแกนควินาโซลีนพบได้บ่อยในยาที่เล็งเป้าไปยังเส้นทาง epidermal growth factor receptor (EGFR) ยังถูกใช้ในงานวิจัยเพื่อออกแบบและปรับปรุงโมเลกุลชีวภาพใหม่ที่มีศักยภาพในการต้านมะเร็งและต้านการอักเสบ