ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สีย้อมเรืองแสงและสารสำหรับติดฉลากชีวมวลโมเลกุล มันทำปฏิกิริยาได้ง่ายกับนิวคลิโอไฟล์ เช่น อะมีนและไทออล ทำให้เหมาะสำหรับการดัดแปลงโปรตีน เพปไทด์ และกรดนิวคลีอิกในงานทดสอบทางชีวเคมี ใช้บ่อยในการเตรียมโพรบเรืองแสงสำหรับตรวจจับและวัดปริมาณชีวมวลโมเลกุลในงานถ่ายภาพและการวินิจฉัย นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายับยั้งคินาสและยาเภสัชอื่นๆ เนื่องจากแกนควินาโซลีนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพในงานค้นคว้ายา กลุ่มไนโตรและคลอโรช่วยให้สามารถฟังก์ชันนาไลซ์ตามลำดับ ทำให้สามารถสร้างโมเลกุลซับซ้อนทีละขั้นในเคมียารักษา โดยเฉพาะในงานวิจัยยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ