ใช้เป็นสารเคมีกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการแทนที่แบบเลือก性 ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างยาที่มีเป้าหมายเฉพาะ ใช้กันทั่วไปในงานวิจัยเพื่อสร้างอนุพันธ์เบสควินาโซลีนที่มีศักยภาพในการต้านมะเร็ง ต้านไวรัส หรือต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเคมีเกษตรเพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงชนิดใหม่ เนื่องจากมีปฏิกิริยาและความเสถียรในกระบวนการทางเคมีต่างๆ