2-Chloro-6,8-difluoroquinoline ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนายา โครงสร้างของมันทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าในการสร้างยาที่เล็งเป้าไปยังการติดเชื้อแบคทีเรียและไวรัส สารประกอบนี้มักใช้ในการผลิตยาปฏิชีวนะ quinoline ซึ่งมีประสิทธิภาพต่อพยาธิหลายชนิด เนื่องจากโครงสร้าง quinoline ที่มีกลุ่มฟังก์ชันคลอรีนและฟลูออรีนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อโรค นอกจากนี้ยังใช้เป็นบล็อกก่อสร้างในการวิจัยสารเคมีเกษตร ช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ และโครงสร้าง quinoline ที่มีฮาโลเจนยังถูกสำรวจในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบสีย้อมเรืองแสงและเซ็นเซอร์