2-Chloro-6,8-difluoroquinoline ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญในอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านจุลชีพและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้าง quinoline ที่มีกลุ่มฟังก์ชันคลอรีนและฟลูออรีนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อโรคและเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการออกฤทธิ์ของสารประกอบที่มีโครงสร้างคล้ายกัน