4-Chloro-7-fluoroquinoline ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มควิโนโลน ซึ่งมีบทบาทสำคัญในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม สารนี้มักถูกนำไปใช้ในการพัฒนายาปฏิชีวนะและยาต้านจุลชีพ เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการต้านเชื้อแบคทีเรีย นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในด้านการเกษตรเพื่อพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชที่มีประสิทธิภาพสูง