4-Chloro-7-fluoroquinoline ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างยาปฏิชีวนะกลุ่มควิโนโลน ซึ่งใช้กันอย่างแพร่หลายในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรีย แกนควิโนโลนที่มีฮาโลเจนเฉพาะตัวของสารนี้ช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนายารักษาโรคอื่นๆ รวมถึงยาต้านมะเร็งและยาต้านการอักเสบ เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ ในเคมียารักษา ยังใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-ฤทธิ์ เพื่อช่วยในการปรับปรุงยาที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้นและลดผลข้างเคียง นอกเหนือจากเภสัชกรรมแล้ว ยังมีการใช้จำกัดในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโครงสร้างเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน