5-Bromo-6-fluoroquinoline ใช้ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในกลุ่มสารประกอบควิโนลินที่มีศักยภาพในการออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มักถูกศึกษาสำหรับการออกฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรีย ต้านไวรัส และต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะต่อเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังอาจถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ที่มีประโยชน์ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม