6-Bromo-5-fluoroquinoline ถูกใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างยารักษาที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับโรคติดเชื้อและมะเร็ง หมู่โบรโม่และฟลูออโรบนวงแหวนควิโนลีนช่วยเพิ่มปฏิกิริยา ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับนักเคมียา นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาโพรบเรืองแสงและเครื่องมือวินิจฉัยอื่นๆ เนื่องจากคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์ที่เป็นเอกลักษณ์ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงงานวิจัยเกษตรเคมี ที่ซึ่งมันช่วยในการออกแบบยาฆ่าแมลงและวัชยากรใหม่ๆ