7,8-Difluoroquinolin-3-amine ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาปฏิชีวนะและยาต้านจุลินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างอนุพันธ์ฟลูโอโควิโนโลน ซึ่งถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียเนื่องจากมีกิจกรรมแบบ broad-spectrum นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยเพื่อออกแบบยาใหม่ที่มุ่งเป้าไปยังเอนไซม์หรือเส้นทางเฉพาะในเซลล์จุลินทรีย์และเซลล์มะเร็ง โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครช่วยให้สามารถปรับแต่งเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดการดื้อยาในงานบำบัด