2,3,5-Trimethyl-2,5-cyclohexadien-1,4-dione ถูกนำมาใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาที่สร้างโมเลกุลซับซ้อน ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์สำหรับการป้องกันพืช นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากระบวนการออกซิเดชันและกลไกการเกิดปฏิกิริยา เนื่องจากมีกลุ่มฟังก์ชัน diene และ dione ที่ไม่เหมือนใคร การประยุกต์ใช้นี้ยังขยายไปสู่สาขาวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งอาจนำไปใช้ในการสร้างโพลิเมอร์เฉพาะหรือสารเคลือบที่มีคุณสมบัติเคมีเฉพาะ