2,5-Dichloroquinoxaline ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมสารเคมีเกษตรและเภสัชกรรม เป็นส่วนสำคัญในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารป้องกันเชื้อรา ซึ่งช่วยปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรคระบาด นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสีสำหรับการย้อมสีสิ่งทอและวัสดุอื่นๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มีบทบาทในการสังเคราะห์สารที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น สารต้านจุลินทรีย์และยาต้านมะเร็ง ความหลากหลายในการเกิดปฏิกิริยาทางเคมีทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในงานวิจัยและกระบวนการอุตสาหกรรม