2,6-Dichloroquinoxaline ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีเกษตร โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและยาฆ่าเชื้อรา นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ที่มีความสำคัญทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็งและยาต้านไวรัส ในด้านการวิจัย 2,6-Dichloroquinoxaline ยังถูกใช้เป็นตัวกลางในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูง