2-Chloro-8-methoxyquinoxaline นิยมใช้ในอุตสาหกรรมการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีศักยภาพในการเป็นยาต้านจุลชีพหรือยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของสารนี้มีความหลากหลายในการดัดแปลงทางเคมี ทำให้สามารถนำไปใช้ในการสร้างสารประกอบใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูง นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเบื้องต้นที่ชี้ให้เห็นว่าสารนี้สามารถนำไปใช้ในการพัฒนายาต้านเชื้อราและยาต้านไวรัสได้อีกด้วย