6-Bromoquinoxaline ถูกนำมาใช้เป็นหลักในสาขาการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะส่วนประกอบพื้นฐานที่หลากหลายสำหรับการสร้างโครงสร้างทางเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น อะตอมโบรมีนของมันทำให้มีปฏิกิริยาสูงในปฏิกิริยาการจับคู่ต่าง ๆ เช่น Suzuki และ Sonogashira couplings ซึ่งจำเป็นต่อการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์อนุพันธ์ quinoxaline ซึ่งมีกิจกรรมทางชีวภาพที่รู้จักกันดี รวมถึงคุณสมบัติต้านจุลชีพ ต้านมะเร็ง และต้านไวรัส นักวิจัยยังนำมาใช้ในการออกแบบวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ โดยที่อนุพันธ์ quinoxaline ช่วยในการพัฒนาไดโอดแสงสว่าง (LEDs) และโฟโตโวลทาอิกอินทรีย์ บทบาทของมันในแอปพลิเคชันเหล่านี้เน้นย้ำถึงความสำคัญในการพัฒนาทั้งเคมียารักษาโรคและวิทยาศาสตร์วัสดุ