6-(Bromomethyl)quinoxaline ถูกนำมาใช้ในเคมีอินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมอนุพันธ์ quinoxaline ซึ่งมักถูกสำรวจสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงคุณสมบัติต้านจุลชีพ ต้านมะเร็ง และต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมเรืองแสงและวัสดุสำหรับการใช้งานทาง optoelectronic เนื่องจากความสามารถในการปรับเปลี่ยนคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์ กลุ่ม bromomethyl ของมันช่วยให้สามารถทำการปรับแต่งเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าต่อปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามและเคมีโพลิเมอร์