2-Fluoroethyl chloroformate ใช้เป็นรีเอเจนต์ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมสารกลางทางเภสัชภัณฑ์ มันช่วยในการนำกลุ่มฟลูออโรเอทิลเข้าไปในโมเลกุล ซึ่งสามารถเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพของสารประกอบ ใช้กันทั่วไปในการพัฒนารังสีเภสัชภัณฑ์สำหรับการถ่ายภาพ positron emission tomography (PET) เพื่อช่วยในการศึกษากระบวนการเมแทบอลิซึมและการวินิจฉัยโรค นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกการก่อสร้างในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและสารเคมีพิเศษ สนับสนุนการสร้างสารประกอบที่มีประสิทธิภาพและความเสถียรที่ดีขึ้น