ซาฟรานีน ที ใช้กันอย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมทางชีวภาพในกล้องจุลทรรศน์เพื่อเน้นโครงสร้างเซลล์ โดยเฉพาะในฮิสโทโลยีและไซโทโลยี มีประสิทธิภาพในการย้อมนิวเคลียส คาร์ติเลจ และมูซิน ทำให้มีคุณค่าในการแยกแยะเนื้อเยื่อภายใต้กล้องจุลทรรศน์ นอกจากบทบาทในการย้อมทางชีวภาพ ยังใช้เป็นตัวบ่งชี้รีดอกซ์ในเคมีวิเคราะห์ ซึ่งช่วยกำหนดจุดสิ้นสุดในการทิเทรชัน ซาฟรานีน ทียังใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอเป็นสีย้อมสำหรับผ้า ให้เฉดสีแดงและชมพูที่สดใส นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยบำบัดด้วยแสงไดนามิกเนื่องจากคุณสมบัติการทำให้ไวต่อแสง ซึ่งสามารถนำมาใช้สำหรับการทำลายเซลล์แบบกำหนดเป้าหมายในการรักษาทางการแพทย์