Formamidine disulfide dihydrochloride ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะสารรีดิวซ์ (reducing agent) โดยช่วยในการทำลายพันธะไดซัลไฟด์ในโปรตีน ซึ่งมีความสำคัญต่อการศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมตัวอย่างสำหรับการวิเคราะห์ด้วย electrophoresis เพื่อให้โปรตีนอยู่ในสถานะรีดิวซ์สำหรับการวิเคราะห์ที่แม่นยำ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์ยาบางชนิด โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในกระบวนการผลิต ความสามารถในการทำให้สารกลางที่ทำปฏิกิริยาเสถียรทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อน