โซเดียมไซยาโนบอโรไฮไดรด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารรีดิวซ์แบบเลือกเฉพาะในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประสิทธิภาพในการทำปฏิกิริยาเอมีเนชันแบบรีดิวซ์ (reductive amination) ซึ่งลดไอมีนหรือไอมีเนียมไอออนให้เป็นเอมีนโดยไม่กระทบต่อหมู่ฟังก์ชันอื่นๆ ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์ยา สารเคมีเกษตร และโมเลกุลอินทรีย์ซับซ้อนอื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการทำให้อินเตอร์มีเดียตที่อ่อนไหวเสถียรในปฏิกิริยาหลายขั้นตอน และมีการประยุกต์ใช้ในกระบวนการทางชีวเคมี เช่น การปรับเปลี่ยนโปรตีนและกรดนิวคลีอิก ซึ่งคุณสมบัติการรีดิวซ์แบบอ่อนโยนมีประโยชน์