ซัลโฟโรดามีน บี เป็นสีย้อมเรืองแสงที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีววิทยาสำหรับการย้อมสีเซลล์และเนื้อเยื่อ คุณสมบัติการเรืองแสงที่เข้มข้นทำให้เหมาะสำหรับการแสดงภาพโครงสร้างเซลล์และติดตามกระบวนการเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ มักใช้ในงานทดสอบความเป็นพิษต่อเซลล์ (cytotoxicity assays) โดยช่วยวัดความมีชีวิตของเซลล์ (cell viability) ผ่านการจับกับโปรตีนในเซลล์ที่มีชีวิต ซึ่งช่วยให้นักวิจัยสามารถคำนวณจำนวนเซลล์ที่รอดชีวิตหลังสัมผัสกับสารประกอบต่างๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในการติดฉลากโปรตีนและจุลทรรศน์เรืองแสงเพื่อศึกษาตำแหน่งและการเคลื่อนไหวของโปรตีนภายในเซลล์ ความเสถียรและการปล่อยแสงที่สว่างทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าทั้งในการศึกษาในหลอดทดลอง (in vitro) และในสิ่งมีชีวิต (in vivo)