6-Carboxyrhodamine 6G ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมเรืองแสงในงานถ่ายภาพทางชีววิทยาและจุลทรรศน์ เนื่องจากมี photostability สูงและการปล่อยแสงที่สว่างสดใส มักใช้ในงานศึกษาการถ่ายโอนพลังงานแบบเรโซนานซ์เรืองแสง (FRET) เพื่อตรวจสอบปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุล นอกจากนี้ ยังใช้ใน flow cytometry สำหรับการติดฉลากและคัดแยกเซลล์ ใช้ใน immunoassays และชุดตรวจ诊断สำหรับตรวจจับ biomolecules รวมถึงใช้เป็น tracer ในงานศึกษาสิ่งแวดล้อมเพื่อติดตามการไหลของน้ำและการปนเปื้อน