Tetramethylrhodamine-5-iodoacetamide ใช้กันอย่างแพร่หลายในการติดฉลากและการถ่ายภาพด้วยฟลูออเรสเซนส์ โดยมีคุณค่าอย่างยิ่งในการวิจัยทางชีววิทยาสำหรับการติดแท็กโปรตีน เพปไทด์ และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ เพื่อศึกษาตำแหน่งที่ตั้ง ปฏิสัมพันธ์ และพลวัตภายในเซลล์ คุณสมบัติการเรืองแสงที่สว่างและความเสถียรต่อแสงสูงทำให้เหมาะสำหรับการใช้กล้องจุลทรรศน์ confocal การไหลของเซลล์ (flow cytometry) และเทคนิคการถ่ายภาพขั้นสูงอื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการถ่ายภาพเซลล์ที่มีชีวิตเนื่องจากสามารถทะลุเยื่อหุ้มเซลล์และติดฉลากเป้าหมายภายในเซลล์ได้ ในทางชีวเคมี ยังใช้เป็นเครื่องมือในการทดสอบเพื่อติดตามกิจกรรมของเอนไซม์หรือตรวจสอบเหตุการณ์การจับโมเลกุล กลุ่ม iodoacetamide ช่วยให้เกิดการคอนจูเกตแบบเลือกสรรกับกลุ่ม thiol ในกรดอะมิโน cysteine ซึ่งช่วยให้สามารถติดฉลากโปรตีนหรือเพปไทด์เฉพาะเจาะจงได้อย่างแม่นยำ