3-Deazaneplanocin A ใช้ในการวิจัยทางการแพทย์เพื่อศึกษากลไกการยับยั้งเอนไซม์ S-adenosylhomocysteine hydrolase (SAH hydrolase) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการควบคุมกระบวนการ methylation ของ DNA และ RNA การยับยั้งเอนไซม์นี้สามารถนำไปสู่การควบคุมการแสดงออกของยีนและมีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง และโรคติดเชื้อไวรัส นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อประเมินประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งและไวรัสบางชนิด โดยเฉพาะไวรัสที่เกี่ยวข้องกับระบบทางเดินหายใจและระบบประสาท